Au début de la saison 1, on apprend que Scott vit seul avec sa mère depuis le divorce de ses parents. Sa mère Melissa McCall travaille comme infirmière au Beacon Hills Memorial Hospital, mais on ne sait rien sur son père. Scott, lui, est un étudiant et également l'assistant vétérinaire du Dr.Deaton. Il a pour meilleur ami Stiles, le fils du Shérif, qui a le même âge que lui. Scott se fait entraîner dans les bois par Stiles qui veut voir le corps d'une jeune femme qui serait là-bas mais la patrouille de police les fait fuir. Stiles se fait repérer par son père mais ne dit pas qu'il y a Scott, le laissant dans les bois. Scott se fait pourchasser par quelque chose et se fait mordre. Le lendemain, il montre sa morsure à Stiles et ils découvrent que Scott a acquis diverses facultés que très vite Stiles associe à de la lycanthropie, les loups garous. Il se fait chasser par des hommes dans la forêt alors qu'il est loup garou. Il va avoir le bégin pour la nouvelle venue Allison Argent mais il va vite découvrir que le père de celle ci,Chris Argent, qui est autre que le chef des chasseurs. Il va rencontrer un autre loup garou nommé Derek Hale qui cherche celui qui tue des gens, l'Alpha. Scott doit aussi surveiller un rival qui joue avec lui dans l'équipe de Cross, Jackson Whitemore, qui n'apprécie pas que Scott ait changé grâce à ses facultés de loup garou.

Lorsque la saison 2 commence, Scott a accepté son sort de loup garou et tout ce que cela implique. Il file l'amour parfaite avec Allison qui sait réellement qui il est, mais Chris Argent les trouve ensemble et le menace de le tuer s'il les revoit ensemble. Ils débutent alors une relation secrète.

Scott va découvrir grâce à Derek qu'un nouveau chasseur ne respectant plus le code est arrivé en ville et qu'il s'agit du grand père d'Allison : Gerard. Celui-ci tranche un Oméga en deux sous les yeux de Scott caché derrière un arbre maintenu par Derek. Hale lui dit que s'ils veulent rester en vie, ils doivent rejoindre sa meute pour être plus fort ensemble mais il refuse. Derek va alors mordre plusieurs élèves de BHHS, des élèves qui étaient avant des parias (un peu rejets), mais qui grâce aux gènes des loups-garous vont changer. Isaac est le premier, Scott le sent lors d'un entrainement de la Crosse. Mais avant qu'il puisse lui parler, il est arrêté par la police, M. Laheyétant mort et étant le dernier à avoir était vu avec, après une dispute.

La nuit de la pleine lune, il cherche un endroit où s'enfermer et choisit la maison des Lahey vide et découvre que Isaac était enfermé par son père dans un congélateur. Allison l'enferme pour la pleine lune mais elle se fait attaquer par une créature lézard dont les griffes ressemblent aux blessures de Lahey. Il lui vient en aide, réussissant à se contrôler et fait fuire la créature. Derek et Stiles doivent aller aider Isaac, enfermé en cellule, que les Chasseurs veulent tuer. Derek le soumet grâce à son rang d'Alpha. Il va aller aider Stiles et Derek à la piscine, qui sont attaqués par le Kanima. La créature fait d'autres victimes mais Derek et sa meute (Isaac, Erica Reyes, et Boyd) veulent découvrir qui elle est. Il teste Jackson avec du venin paralysant de la créature mais il est affecté prouvant d'après Derek que ce n'est pas lui. Ils font pareil sur Lydia qui elle n'est pas affectée. Scott, Stiles, Allison et Jackson vont devoir alors la protèger de la meute. A la fin de la soirée, tous découvrent que ce n'est pas Lydia mais Jackson. Scott ne veut pas le tuer mais l'aider, et suivant cet accord, il rejoint temporairement la meute. Le Kanima fait encore des victimes, mais ils apprennent qu'elle est contrôlée par unMaître du Kanima, dont le seul indice sur son identité est qu'il n'aime pas l'eau. Scott et Stiles capturent Jackson et l'enferme pour lui dire ce qui se passe et l"aider mais il réussit à s'échapper en Kanima. Scott n'en peut plus de cette situation et s'en prend à Jackson qui ne les aide pas quand il a ses esprits. Lors d'un concert secret ils piègent le Kanima, mais ils doivent le laisser partir car Scott est en danger, Victoria Argent ayant entendu dire que sa fille et Scott sortaient encore ensemble et les ayant surpris pendant qu'ils s'embrassaient. Elle décide de tuer Scott grâce à une vapeur de Fleur de Loup. Dans un dernière espoir, il appelle à l'aide façon loup garou. Derek l'entend et vient le sauver mordant Victoria.

À l'anniversaire de Lydia, ils ont tous des hallucinations. Celle de Scott : Allison et le Kanima faisant l'amour. Scott et Stiles découvriront qui est le Maître du Kanima : Matt. Ils en parlent au Sherif Stilinski, qui voudra la déposition de Melissa McCall, la mère de Scott, qui a vu Matt le jour où l'une des victimes est morte, à l'hôpital. Mais au commissariat, tout tourne mal. Matt apparaî armé et avec le Kanima. Melissa McCall découvre l'autre visage de son fils, et Les chasseurs veulent tuer le Kanima et Derek (qui pour Allison a tué sa mère). Matt s'échappe mais Gerard le tue pour devenir le Maître du Kanima. Scott va être obligé de suivre un plan de Gerard pour aider tout le monde et éviter un bain de sang lors d'un match de la Crosse. Mais Jackson se tue, Scott, Derek et les autres veulent combattre Gerard, mais Stiles qui a était tabassé par Gerard, ne répond plus. Chris Argent et Isaac viennent aider Scott et Derek contre Gerard et le Kanima qui a réssucité. Gerard commence un combat contre les loups-garous et Chris avec son équipe composé de Allison et du Kanima, mais Gerard a fait cela pour se faire mordre par Derek, car il est malade et le seul remède c'est le gène auto-guérisseur des loups- garous. Allison s'est fait piégée par son propre grand-père, car elle ne le savait pas. Mais Scott, aidé de Deaton a aussi son plan est il a changé les pilules que prenait Gerard contre de la poudre de Sorbier qui annule la transformation. Gerard, furieux, dit au Kanima de les tuer tous, mais Stiles et Lydia arrivent et cette dernière fait réapparaitre Jackson qui préfère mourir. Derek et Peter Hale revenue d'entre les morts le tue, mais il revient à lui en loup garou. Scott n'est plus avec Allison mais ils veulent rester amis, et le jeune homme profite de sa vie avec son ami Stiles qui veut travailler dure pour les prochains matchs de la Crosse la saison prochaine.

 

Scott débute la saison avec une vie presque normale, il essaie d'être un meilleur fils, un meilleur ami, un meilleur

élève... Puis tout va dégénérer vers l'affrontement avec la meute Alpha. Tyler Posey, l'interprète de Scott, a dévoilé que Scott serait un "Oméga", beaucoup moins fort que la meute Alpha (surtout Deucalion, le Leader). Il se rapprochera de Isaac pour l'aider dans sa condition de loup garou, et Stiles passera moins de temps avec lui et plus avec son père. Dans le Trailer, on voit Deucalion tuer Melissa McCall, lorsque Deucalion va entrer dans la tête de Scott pour lui faire peur. Sinon, on peut aussi aperçevoir aussi qu'il devra choisir entre affronter les Alphas ou en devenir un (ce qui va se produire vu que l'on apperçoit avec les yeux rouge). Nous savons maintenant que Deucalion ne voulait pas Derek dans sa meute, mais bien Scott, car celui-ci va devenir un pur Alpha. Cela veut dire qu'il est devenu Alpha qu'avec la foi, sans avoir besoin de voler le pouvoir surnaturel de quelqu'un. Pour sauver sa mère et le père de Stiles, il va faire un terrible choix, il va suivre Deucalion. Scott va aider le père d'Allison et de Stiles et sa mère. Stiles lui dit à la fin de l'épisode 11 que son père, Jack Keller, qui appartient au FBI, est en ville.Dans l'épisode 12,on peut apercevoir que Scott devient un alpha et réussit à passer à travers la paroi du cercle de sorbier qu'à formée Jennifer.Scott et Derek épargnent Deucalion parce qu'il était un visionnaire et que pour Derek il pourrait le redevenir,Chris reprend ses activités de chasseur et Peter égorge Jennifer.